高新技術企業認定與研發費用加計扣除都涉及到研發費用的歸集問題，兩者由于歸集口徑不一存在著一定的差異。具體可從政策文件依據、研發費用的企業要求范圍和研發費用的歸集內容三個方面進行區分。
（一）政策文件的依據不同
1.1高新技術企業認定中的研發費用（列舉如下）：
（1）《高新技術企業認定管理辦法》（國科發火〔2016〕32號）；
（2）《高新技術企業認定管理工作指引》
1.2加計扣除中的研發費用（列舉如下）：
（1）財政部 稅務總局 科技部關于提高研究開發費用稅前加計扣除比例的通知（財稅〔2018〕99號）；
（2）國家稅務總局關于研發費用稅前加計扣除歸集范圍有關問題的公告（國家稅務總局公告2017年第40號）；
（3）國家稅務總局關于企業研究開發費用稅前加計扣除政策有關問題的公告（國家稅務總局公告2015年第97號）；
（二）研發費用的企業要求范圍的不同
| 研發費用加計扣除政策 | ? ? ? ? ? ?高新技術企業認定政策 |
適用行業 | 不適用稅前加計扣除的行業： 1.煙草制造業 2.住宿和餐飲業 3.批發和零售業 4.房地產業 5.租賃和商務服務業 6.娛樂業 7.財政部和國家稅務總局規定的其他行業 | 在《國家重點支持的高新技術領域》高新技術企業申報認定八大領域： 一、電子信息 二、生物與新醫藥 三、航空航天 四、新材料 五、高技術服務 六、新能源與節能 七、資源與環境 八、先進制造與自動化 |
（三）研發費用的內容的不同列舉如下表：
項目 | 高新認定研發費用 | 研發費用加計扣除 |
人員人工費用 | 研發人員定義：企業科技人員，要求累計實際工作時間在183天以上。不包括職工福利費、補充養老和補充醫療保險。 | 直接從事研發活動人員。職工福利費、補充養老和補充醫療在其他相關費用加計扣除 |
經營租賃費 | 用于研發的固定資產租賃費均可歸集，例如廠房。 | 只允許用于研發的儀器、設備租賃費。 |
調試費與實驗費 | 包括裝備調試費用，田間實施費 | 不包括 |
長期待攤費用 | 是指研發設施的改建、改裝、裝修和修理過程中發生的。 | 不包括 |
折舊費 | 用于研究開發活動的儀器、設備和在用建筑物的折舊費 | 不包括建筑物的折舊費 |
委托 研發 | 包括委托境內外研發 | 委托境外進行研發活動所發生的費用限額扣除；委托境外個人進行的研發活動不得扣除。 |
其他相關費用 | 不超過研究開發總費用的20%。包括通訊費 | 不得超過可加計扣除研發費用總額的10%。不包括通訊費。 |
? ? 以上是對高新技術企業認定中研發費用和研發費用加計扣除的不同之處進行的簡要分析。基于高企認定中研發費用與加計扣除的研發費用歸集的差異，企業在實務處理，歸集研發費用臺賬的過程中，應熟悉掌握兩者的政策及相關規定的差異，按照政策要求歸集研發費用，合理利用稅收優惠政策提前做好稅務籌劃，避免將兩者混淆帶來不必要的稅務風險。